Takhasus, merupakan sebuah program tahfidz khusus yang difokuskan pada satu tujuan untuk menghafal Al-Qur’an dengan menggunakan metode khusus yaitu mutqin. Program takhasus pada Madrasah Ulumul Qur’an (MUQ) Pagar Air ini dibimbing oleh para ustadz dan ustazah yang memiliki hafalan 30 juz. Program takhasus dipimpin oleh Ustadz Zubair. Takhasus memiliki 3 rumah putri dan1 rumah putra yakni rumah 1 yang dibimbing oleh ustadzah Darma dan ustazah Rodhiah, rumah 3 dibimbing oleh ustadzah Widya dan ustadzah Nabila, rumah 4 dibimbing oleh ustazah Maula dan ustazah Fathimah, dan rumah takhasus putra dibimbing oleh ustadz Fuad.
Pogram takhasus dimulai sejak tahun 2017, dengan tujuan utama agar para santri mampu menghafal Al-Quran dengan lancar, dan kefashihan makhraj dalam membaca Al-Quran, serta mencapai target hafalan 30 juz secara mutqin. Santri yang mengikuti program Takhasus hanya berlaku selama satu tahun, apabila sudah satu tahun, santri akan Kembali pada kegiatan belajar mengajar di regular.
Selama mengikuti masa program, para santri akan dibimbing oleh asatidz mulai dari rutinitas bangun pagi hingga waktu tidur. Pada waktu sepertiga malam, santri akan dibangunkan oleh musyrif/musyrifah untuk melaksanakan shalat sunnah tahajjud secara berjamaah, setelah santri shalat sunnah tahajjud berjama’ah santri akan mencari hafalan sabaq sambil menunggu azan shubuh, jika sudah azan santri segera melaksanakan shalat subuh berjama’ah. Selesai shalat berjama’ah, pada pukul 06.00 santri akan memasuki waktu halaqah untuk menyetor sabaq hingga pukul 07.00 dan kembali masuk pada pukul 09.00. Pada pukul 09.00-12.00, santri Kembali masuk untuk menyetor sabqi dan akan masuk Kembali di sore hari. ()
